印斯茅斯之影的剧情围绕一个孤僻、破败的渔镇印斯茅斯展开。主角因家族遗物线索来到这里，发现镇上居民外观怪异，带着鱼鳞般的皮肤和凸起的眼泡，他们崇拜古老的海底邪神——达贡。主角在调查中逐渐意识到，这些居民并非单纯人类，而是与深海生物深潜者通婚的混血后裔，他们通过奇怪的仪式与海洋共生，并计划将整个小镇变成海底文明的据点。

最令人难忘的剧情之一，是主角在破旧旅馆中偶然听到的窃窃私语。当地长老会暗中监视每一个外来者，而主角的到访触发了他们的警惕。通过一本遗落在角落的旧日记，主角得知了小镇的黑暗历史：居民们因经济困顿与深潜者达成协议，以人类的奉献换取异界的力量和长寿，但代价是逐渐丧失人性，蜕变为半人半鱼的怪物。这段描述精确描绘了人性在未知恐惧面前的脆弱与妥协。

另一个关键情节是主角在废弃码头目睹的夜间献祭仪式。月光下，一群扭曲的身影膜拜着从海中浮出的巨大身影——达贡的化身，伴随着诡异的低语和拍打水浪的声音。主角仓促逃离时，发现自己已被跟踪，镇民们开始集体追捕他，这场追逐战充满了压抑感和无处可逃的绝望。

故事的高潮在于主角发现自己体内也流着混血血脉，他在最终选择逃离小镇时，看到海水中涌现的大批深潜者，它们对人类世界的憎恨和报复预示着更大的恐怖即将笼罩世界。这种从个体秘密上升到全球危机的剧情转折，让读者在恐惧中回味无穷。